Analiza slike
Merjenje velikosti genoma s slikovno denzitometrijo
Velikost genoma merimo z mikroskopom z uporabo denzitometrije. DNA v jedrih je obarvana z reakcijo po Feulgen-u (s Schiffovim reagentom, ki se stehiometrično, kvantitativno veže na DNA). Jakost obarvanja, ki je sorazmerna s količino DNA v jedru, merimo kot absorbanco jedra, ki je povezana s količino svetlobe, ki jo jedro prepušča (transmisija, glej spodnjo sliko).
Prikaz transmitance jeder - količina svetlobe, ki pride skozi jedro je sorazmerna z optično gostoto jedra (levo). Desno mikroskop za meritev velikosti genoma (količine DNA v jedrih) s slikovno denzitometrijo.
Endopoliploidija (somatska poliploidija) v zrnu teozinta (divji prednik koruze, levo) in v zrnu koruze divjega tipa in mn1 mutante (desno). Endopoliploidija je posledica endoreduplikacije - večkratna podvojitev jedrnega genoma, ki ji ne sledi mitotska delitev jedra in celice. Velikost jedrnega genoma merimo z metodo analize slike, slikovno denzitometrijo, na mediani histološki rezini skozi zrno teozinta oz. koruze, pobarvani po Feulgen-u. Na zgornji sliki so prikazani položaji jeder v rezini, barva predstavlja pripadnost razredu endopoliploidije, velikost simbolov pa je sorazmerna s premerom jeder v rezinah.
Metoda je uporabljena v članku: Dermastia M, Kladnik A, Dolenc Koce J, Chourey PS (2009) A cellular study of teosinte Zea mays subsp. parviglumis showing several processes conserved in maize. American Journal of Botany 96: 1789-1807.
Kolokalizacija
Analiza kolokalizacije je kvantifikacija prostorskega sovpadanja lokalizacije dveh ali večih različnih tarč v preparatu. Rezultat je navadno v obliki deleža prekrivanja signala v enem kanalu s signalom v drugem kanalu.
- Zbirka orodij za analizo kolokalizacije v paketu MBF ImageJ
- Priročnik za kolokalizacijo (Tony Collins)
Primer analize kolokalizacije signala v dveh kanalih za uporabo plugina Colocalisation Threshold, ki je del paketa MBF ImageJ (avtor Tony Collins, McMaster Biophotonics Facility), ki je temelji na priljubljenem programu za analizo slike ImageJ.
Metoda je uporabljena v članku: Bakrač in sod. (2010) A Toxin-based Probe Reveals Cytoplasmic Exposure of Golgi Sphingomyelin. Journal of Biological Chemistry 285, 22186-22195.